사업자가 공공사업 시행이나 정책적 목적에 따라 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 영업손실보상금은 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가가 아니므로 부가가치세 과세 대상이 아닙니다.
부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세하는 것이며, 영업손실보상금은 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부되는 시설·운영자금의 성격을 가지기 때문입니다. 따라서 해당 보상금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않으며, 세금계산서 발급 대상도 아닙니다.
다만, 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대가로 받는 금액이 아니라, 단순히 손실을 보전받는 성격의 보상금이어야 합니다. 만약 재화나 용역의 공급과 직접 관련되어 지급받는 대가라면 과세 대상이 될 수 있으므로, 보상금의 성격이 공급의 대가인지 아니면 손실 보전 목적인지 명확히 구분해야 합니다.