비영리법인이라고 해서 항상 면세사업자인 것은 아니며, 사업의 성격과 공급하는 재화 또는 용역의 종류에 따라 과세 여부가 결정됩니다.
부가가치세법상 사업자는 사업 목적이 영리인지 비영리인지와 관계없이, 사업상 독립적으로 과세 대상인 재화나 용역을 공급하는 경우 부가가치세 납세의무자가 됩니다. 따라서 비영리법인이라 하더라도 과세사업을 영위한다면 부가가치세가 과세되며, 면세사업을 영위한다면 부가가치세가 면제됩니다.
따라서 비영리법인이 수행하는 구체적인 사업 내용이 부가가치세법상 과세대상인지, 아니면 면세 대상인지 또는 공익 목적의 면세 특례에 해당하는지를 개별적으로 확인해야 합니다.