감가상각자산의 공급의제 시 취득가액을 '매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액'으로 한정하는 주된 이유는 부가가치세의 이중과세 방지 및 매입세액 공제액의 사후 정산(회수)이라는 정책적 목적 때문입니다.
공급의제(간주공급) 제도는 사업자가 당초 매입세액을 공제받아 부가가치세 부담 없이 취득한 재화를, 이후 사업과 무관하게 사용하거나 면세사업에 전용하는 등 부가가치세가 과세되지 않는 상태로 소비하는 것을 방지하기 위해 도입되었습니다. 즉, 과거에 공제받았던 매입세액을 다시 매출세액으로 납부하게 함으로써 과세 형평을 맞추는 것입니다.
만약 매입세액을 공제받지 못한 재화까지 공급의제로 보아 과세한다면, 취득 시 부담한 부가가치세와 공급의제 시 납부하는 부가가치세가 중복되어 이중과세 문제가 발생합니다. 따라서 법령은 매입세액을 공제받은 재화만을 공급의제 대상으로 한정하고, 그 취득가액 또한 '매입세액을 공제받은 가액'으로 규정하여 실제 공제받은 세액만큼을 정산의 기준으로 삼도록 하고 있습니다.
감가상각자산은 시간이 지남에 따라 가치가 감소하는 중고 재화이므로, 매번 정확한 시가를 산정하는 것이 실무적으로 매우 어렵습니다. 이에 따라 세법은 당초 매입세액을 공제받았던 '취득가액'을 출발점으로 삼고, 여기에 경과된 과세기간별 체감률을 적용하여 현재의 가치를 합리적으로 추정(의제)하는 방식을 취하고 있습니다.
결론적으로, 해당 규정은 '과거에 공제받은 매입세액을 현재 시점에서 합리적으로 환수'하기 위한 계산의 기초 자료로서, 매입세액 공제 여부가 확인된 가액을 기준으로 삼는 것입니다.