2026년 2월 21일 병가 신청 후 7월에 소급하여 퇴사 처리 및 4대보험 신고를 완료했는데, 중도퇴사자 소득세 정산을 하지 않은 경우 어떻게 해야 하나요?

중도 퇴사 시 원천징수의무자는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 실시하여야 하며, 이를 누락한 경우 수정신고를 통해 정산해야 합니다.

퇴직소득세액 정산 및 근로소득 연말정산이 누락된 상태에서 4대보험 퇴사 처리가 완료되었다면, 원천징수의무자(대표님)는 다음 절차에 따라 수정신고를 진행해야 합니다.

1. 근로소득 연말정산 수정신고: 중도 퇴사 시점(2026년 2월)을 기준으로 근로소득 연말정산을 실시하고, 수정된 원천징수이행상황신고서를 관할 세무서에 제출해야 합니다. 이때 누락된 세액이 있다면 추가로 납부해야 하며, 납부기한이 경과했으므로 납부지연가산세가 발생할 수 있습니다.
2. 지급명세서 제출: 근로소득 지급명세서(수정분)를 작성하여 관할 세무서에 제출해야 합니다. 중도 퇴사자의 지급명세서는 퇴직일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일까지 제출하는 것이 원칙이나, 이미 기한이 지났거나 수정이 필요한 경우 즉시 제출해야 합니다.
3. 가산세 감면: 수정신고를 자진해서 진행하는 경우, 신고 기한 경과 후 기간에 따라 과소신고가산세 등을 감면받을 수 있습니다. 다만, 세무서로부터 경정 통지를 받기 전에 신속하게 수정신고를 진행하는 것이 유리합니다.

주의사항

• 원천징수의무자가 정산 과정을 누락한 경우, 국세기본법에 따라 수정신고를 할 수 있습니다.
• 수정신고 시에는 당초 제출한 원천징수이행상황신고서의 내용을 수정하여 다시 제출하며, 추가 납부할 세액이 있다면 납부서와 함께 납부해야 합니다.
• 만약 퇴직소득이 발생한 경우라면 퇴직소득 원천징수영수증 발급 및 정산 절차도 함께 확인해야 합니다.

정확한 세액 계산과 수정신고 절차는 관할 세무서에 문의하거나 세무 대리인을 통해 진행하시길 권장합니다.