법인의 원천징수세액 납세지는 원칙적으로 본점 또는 주사무소의 소재지이나, 지점 등에서 독립채산제에 따라 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 해당 사업장 소재지를 납세지로 할 수 있습니다.
따라서 지점별로 급여를 구분하여 관리하더라도, 원천징수세액을 본점에서 일괄하여 신고·납부하려면 본점 관할 세무서장에게 '원천징수세액 본점일괄납부신고서'를 제출하여 승인을 받거나, 「부가가치세법」에 따른 사업자단위과세사업자로 등록되어 있어야 합니다.
이러한 일괄납부 승인이나 사업자단위과세 등록이 되어 있지 않은 상태라면, 원칙대로 각 지점별로 원천징수이행상황신고서를 작성하여 해당 지점 관할 세무서에 신고·납부해야 합니다. 만약 본점 일괄납부 승인을 받은 경우라면, 지점의 원천징수 내역을 포함하여 본점에서 통합 신고·납부할 수 있습니다.