운용리스 차량을 다른 명의자에게 넘기는 것 자체는 원칙적으로 재화의 공급이 아니어서 세금계산서 발행 의무가 없습니다. 다만 새로운 이용자에게 대가를 받고 임차인의 지위를 양도하는 경우 그 대가에 대해서는 부가가치세가 과세되므로, 그 대가에 대해 세금계산서를 발행해야 합니다.
질문에서 자동차 원부상 저당권자가 리스사가 아니라 계약자(이용자) 명의로 되어 있다는 점은, 해당 차량이 리스회사 소유가 아니라 이용자 명의로 소유권이나 담보권이 설정된 구조일 가능성을 보여줍니다. 이 경우 단순한 운용리스 승계가 아니라 차량 자체의 소유권 이전이나 담보·대금 정산을 수반하는 거래로 볼 여지가 있어, 거래의 실질을 먼저 구분해야 합니다.
승계만 하고 추가 대가를 받지 않는 경우
새로운 이용자에게 대가(인도금·정산금 등)를 받고 임차인 지위를 양도하는 경우
부가세 환급·반환 절차와 관련해 확인할 점
저당권자가 리스사가 아니고 계약자 명의인 경우의 유의점
정리하면, 대가 없이 단순 승계만 하면 부가세 발행·환급 문제는 원칙적으로 생기지 않고, 대가를 받고 임차인 지위를 넘기면 그 대가에 대해 세금계산서 발행 및 부가세 과세 문제가 생깁니다. 원부상 저당권자가 계약자로 되어 있는 점은 단순 운용리스 승계가 아닌 실질 거래 가능성을 보여주므로, 정산금의 성격과 소유권·담보 이전 방식을 먼저 확인한 뒤 부가세 처리를 판단하는 것이 안전합니다.
실무적으로는 해당 차량의 등록 형태, 리스계약의 종류, 실제 오가는 금액의 성격을 기준으로 판단해야 하므로, 거래 구조가 단순 승계인지 대가 수반 승계인지, 그리고 소유권 이전이 포함되는지 확인해 보시는 것을 권장드립니다.