지원금 600만원과 자부담금 60만원을 합쳐 지원금 전용 카드로 결제할 경우 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있나요?

원칙적으로 과세사업에 사용할 재화·용역을 공급받고 세금계산서를 정상적으로 수취했다면, 그 매입대금의 재원이 국고보조금(지원금)이더라도 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.

핵심은 재원이 아니라 ‘사업을 위해 사용했는지’와 ‘공제되지 않는 매입세액에 해당하지 않는지’입니다. 지원금과 자부담금을 합쳐 지원금 전용 카드로 결제하더라도, 그 카드로 결제한 거래가 과세사업 관련 매입이고 세금계산서 등 적격 증빙을 갖췄다면 매입세액 공제가 가능합니다. 다만 다음 사항은 반드시 구분해서 확인해야 합니다.

• 과세사업 관련 매입인지: 지원금이 면세사업이나 비과세사업에만 사용된다면 그 관련 매입세액은 공제되지 않습니다.
• 매입세액 불공제 대상이 아닌지: 사업과 직접 관련 없는 지출, 접대비 유사 비용, 비영업용 승용차 관련 매입세액 등은 재원과 무관하게 공제되지 않습니다.
• 증빙 요건: 신용카드매출전표 등으로 공제받으려면 공급자가 세금계산서 발급 가능한 사업자여야 하고, 사업자 본인 명의 카드로 결제·수취하는 등 요건을 갖춰야 합니다. 타인 명의 카드나 일부 업종·간이과세자 발급분은 공제가 제한될 수 있습니다.
• 공통매입세액 안분: 과세사업과 면세사업등을 함께 운영한다면 공통매입세액은 안분 계산해서 과세사업분만 공제합니다.

따라서 “지원금 통장 카드”라는 결제 수단 자체보다, 그 결제로 공급받은 재화·용역이 과세사업에 사용되고 불공제 대상이 아니며 적격 증빙을 갖췄는지가 매입공제 반영 여부를 좌우합니다. 지원금이 면세·비과세 사업에만 쓰이거나, 결제한 거래가 불공제 대상에 해당하면 매입세액 공제는 반영되지 않습니다.