사후납부 방식의 가장 큰 장점은 수입신고 수리 후 관세를 즉시 내지 않고도 물품을 먼저 반출할 수 있다는 점입니다. 즉, 세금 납부 전이라도 세관 승인이 나면 수입신고필증을 받아 물품을 먼저 수령할 수 있어 적기 공급과 납품 일정 조절이 쉬워집니다.
또한 사후납부는 정확한 관세액을 확인한 뒤 납부할 수 있어 과납 위험이 적고, 납부 기한 내에 자금을 마련할 수 있다는 장점도 있습니다. 다만 원칙적으로는 관세·부가세에 상당하는 담보를 제공해야 하며, 일정 요건을 갖춘 기업은 담보 제공 생략 대상으로 확인받아 더 간편하게 이용할 수 있습니다. 여러 건을 수입하는 경우에는 건별 납부기한이 달라 납기 관리가 필요하므로, 이를 보완하려면 월별납부 제도와 함께 활용하는 방법도 있습니다.
요약하면, 사후납부는 물품 선(先)반출, 정확한 세액 확인 후 납부, 자금 부담 완화에 강점이 있는 방식입니다.