5월 31일 퇴사자의 퇴직금을 9월에 지급했다면, 9월 원천세 신고·납부에 반영하는 것이 원칙입니다. 퇴직소득세는 실제 지급일을 기준으로 원천징수하고, 그 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 신고·납부하기 때문입니다.
다만 아래 두 가지를 함께 확인해야 합니다.
원천징수 시기 특례(의제) 적용 여부: 1~11월 중 퇴직한 사람의 퇴직소득을 해당 과세기간 12월 31일까지 지급하지 않으면 12월 31일에 지급한 것으로 보아 원천징수하고, 12월 퇴직자의 퇴직소득을 다음 해 2월 말일까지 지급하지 않으면 다음 해 2월 말일에 지급한 것으로 봅니다. 5월 31일 퇴사 후 9월에 실제 지급했다면 이 특례가 아니라 실제 지급 시점에 원천징수하는 경우에 해당합니다.
지급명세서 제출 기한: 퇴직소득의 지급명세서는 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일까지 제출해야 합니다(휴업·폐업·해산 시에는 그 사유가 발생한 달의 다음다음 달 말일). 9월에 지급했다면 해당 과세기간 귀속으로 다음 해 3월 10일까지 지급명세서를 제출해야 합니다.
원천징수영수증 발급: 퇴직금을 지급할 때 원천징수영수증을 발급해야 하며, 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 지급하는 사람에게 발급합니다. 과세이연 등으로 원천징수하지 않은 경우에는 그 사유를 함께 적어 발급합니다.
세액 정산 가능성: 같은 과세기간 또는 동일 근로계약에서 이미 지급된 퇴직소득이 있으면, 이번에 지급할 금액과 합산해 세액을 다시 정산한 뒤 기납부세액을 차감해 원천징수할 수 있습니다. 이 경우 근속연수는 기존 지급분과 이번 지급분의 근속연수를 합산하되 중복 기간은 제외합니다.
정리하면, 5월 31일 퇴사자의 퇴직금을 9월에 지급했다면 9월 원천세 신고에 반영하는 것 자체는 문제되지 않습니다. 다만 실제 지급일을 기준으로 원천징수하고, 다음 달 10일까지 신고·납부하며, 지급명세서는 다음 해 3월 10일까지 제출하고, 이미 지급된 퇴직소득이 있다면 세액 정산 여부를 함께 확인하는 것이 중요합니다.