법인세와 법인지방소득세, 세법상 의무불이행으로 납부한 세액(가산세 포함)과 부가가치세 매입세액은 손금에 넣지 않습니다. 판매하지 않은 제품에 대한 개별소비세·주세·교통·에너지·환경세 미납액은 원칙적으로 손금불산입이지만, 제품가격에 그 세액 상당액을 더한 경우는 예외입니다. 벌금·과료(통고처분 상당액 포함)·과태료·가산금·강제징수비도 손금불산입입니다. 법령에 따라 의무적으로 내는 것이 아닌 공과금, 법령상 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금도 손금에 넣지 않습니다. 연결모법인 또는 연결자법인에 연결법인세 관련 규정에 따라 지급했거나 지급할 금액도 손금불산입 대상입니다.
외국 법령에 따라 부과된 같은 성질의 세금·공과금도 손금불산입에 포함될 수 있고, 부가가치세 매입세액은 부가가치세가 면제되거나 시행령이 정하는 경우 등 일부 예외가 있습니다. 실제 지출이라도 계약 위반에 따른 지체상금처럼 성격이 다른 항목은 벌금 등과 달리 볼 수 있어, 개별 항목의 성격과 근거를 함께 확인하는 것이 좋습니다.