일반 양도·양수에서 양도인이 부담하는 부가가치세는 해당 거래가 부가가치세 과세거래에 해당하는지에 따라 달라집니다. 과세거래에 해당하면 원칙적으로 공급가액의 10%가 부가가치세이며, 양도인이 이를 거래징수하여 신고·납부합니다.
다만 사업의 포괄적 양도(사업양도)에 해당하면 부가가치세법 제10조제9항제2호에 따라 재화의 공급으로 보지 않으므로 부가가치세가 과세되지 않습니다. 사업양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말하며, 미수금·미지급금, 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등은 포함하지 않아도 사업양도로 볼 수 있습니다.
사업양도 여부가 불분명한 경우에는 대리납부 제도를 이용할 수 있습니다. 이 경우 양수자가 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 부가가치세를 대리납부하면 재화의 공급으로 볼 수 있고, 양도자는 세금계산서를 발급하여 매출로 신고하며, 양수자는 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
반면 사업양도에 해당하는데도 양도자가 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부하면, 양수자는 매입세액 불공제, 과소신고(초과환급)가산세 및 납부(환급)지연가산세가 적용될 수 있습니다.
따라서 단순히 ‘일반 양도·양수’라고만 보면 부가가치세가 얼마인지 단정하기 어렵고, ① 과세거래인지, ② 사업양도에 해당하는지, ③ 불분명하여 대리납부를 선택할 것인지를 먼저 구분해야 합니다. 부동산·사업장 양도라면 사업양도 요건 충족 여부와 대리납부 가능 시점을 함께 확인하는 것이 중요합니다.