과세표준과 세액이 증가해 수정신고(추가납부)를 하는 경우와, 이미 신고한 내용이 과다해 경정청구를 하는 경우는 서로 다른 제도이므로, 같은 신고에서 두 서류를 모두 작성해야 하는 것은 아닙니다.
즉, 과세표준·세액이 증가하는 방향이면 수정신고와 추가납부를, 감소하는 방향이면 경정청구를 선택하는 것이 원칙입니다. 매입세액 반영으로 납부세액이 늘어나는 상황도 결국 과세표준·세액 증가(과소신고) 문제라면 수정신고와 추가납부로 처리하고, 반대로 과다신고로 줄어드는 방향이라면 경정청구로 처리합니다. 두 방향이 섞인 경우라면 세목·거래별로 증가 요인과 감소 요인을 나누어 각각 적용해야 하므로, 어느 쪽이 주된 변경인지와 해당 세목의 신고 방식에 따라 서류 구성이 달라질 수 있습니다.
실무적으로는 수정신고 시 과세표준 수정신고서에 종전 내용과 수정 내용을 함께 적고, 추가납부할 세액이 있으면 추가자진납부계산서를 함께 제출하는 방식으로 처리합니다. 경정청구는 결정(경정) 청구서에 최초 신고서 사본과 경정 사유를 증명할 서류를 첨부해 제출합니다. 따라서 “두 서류를 무조건 함께 작성”하는 것은 아니고, 증가(수정신고·추가납부)인지 감소(경정청구)인지에 따라 제출하는 서류가 달라진다고 이해하시면 됩니다.
다만 실제 신고서는 부가가치세, 법인세, 소득세 등 세목별로 서식과 작성 방식이 다를 수 있으므로, 해당 세목의 신고서식과 수정·경정 절차를 확인해 작성하시는 것이 안전합니다.