전자세금계산서 의무발급 사업자가 종이세금계산서를 발급하여 부가가치세 수정신고를 할 때, 종이발급 가산세 외에 납부지연 가산세도 함께 부과해야 하나요?

전자세금계산서 의무발급 사업자가 발급시기에 전자세금계산서 대신 종이(수기)세금계산서를 발급한 경우, 종이발급 가산세(공급가액의 1%)는 붙지만, 납부지연 가산세는 원칙적으로 붙지 않습니다.

• 종이발급 가산세: 전자세금계산서 의무발급자가 발급시기에 전자세금계산서 외의 세금계산서를 발급한 경우 공급가액의 1%가 부과되며, 이는 부가가치세 신고서의 가산세 항목에 반영합니다.
• 납부지연 가산세: 납부지연 가산세는 법정납부기한까지 국세를 납부하지 않거나 과소납부한 경우, 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급받은 경우에 부과됩니다. 종이발급 가산세 자체는 납부지연 사유가 아니라 세금계산서 발급의무 위반에 대한 가산세이므로, 해당 가산세만으로 납부지연 가산세가 자동으로 붙지는 않습니다.
• 납부지연 가산세가 붙는 경우: 수정신고 결과 추가로 납부할 세액이 발생하고, 그 세액을 법정납부기한까지 내지 못한 경우에는 그 미납세액에 대해 납부지연 가산세가 별도로 계산될 수 있습니다. 즉, 종이발급 가산세 때문에 붙는 것이 아니라 추가 납부세액의 납부지연 때문에 붙는 구조입니다.
• 중복 적용 배제: 발급위반(종이발급)에 대한 가산세가 적용되면 전송위반(지연·미전송) 가산세는 중복하여 부과하지 않습니다.
• 실무 확인 포인트: 수정신고로 인해 추가로 납부할 세액이 있는지, 그 세액의 법정납부기한과 실제 납부일 사이에 지연이 있었는지를 기준으로 납부지연 가산세 적용 여부를 판단해야 합니다. 종이발급 가산세만 있는 경우에는 납부지연 가산세를 붙이지 않는 것이 원칙입니다.

따라서 종이세금계산서 발급에 대한 가산세만 문제되는 상황이라면 납부지연 가산세는 붙지 않고, 수정신고로 추가 납부세액이 발생해 그 납부가 지연된 경우에만 납부지연 가산세를 별도로 검토하면 됩니다.