면세사업과 관련된 매입세액은 왜 부가가치세 공제가 되지 않나요?

면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다.

그 이유는 부가가치세가 과세사업을 전제로 매입세액을 공제해 주는 구조이기 때문입니다. 면세사업은 애초에 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급하는 사업이라, 그 사업을 위해 지출한 매입세액은 과세사업에 사용된 것으로 볼 수 없어 공제 대상에서 제외됩니다.

공제되지 않는 근거

• 부가가치세법 제39조제1항제7호는 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액 포함)을 매출세액에서 공제하지 않도록 정하고 있습니다.
• 여기서 “면세사업등”은 면세사업뿐 아니라 부가가치세가 과세되지 않는 재화·용역을 공급하는 사업까지 포함하는 개념입니다.

왜 이런 취급을 하는지

• 면세되는 재화·용역의 공급 자체는 매출세액이 발생하지 않습니다.
• 그런데 그 면세사업을 위해 쓴 매입세액까지 공제해 주면, 면세 공급의 원가만 낮아져 과세사업과의 형평성이나 부가가치세 체계 취지에 맞지 않기 때문입니다.
• 그래서 토지 관련 매입세액처럼, 면세 또는 비과세와 연결된 지출은 매입세액 불공제로 처리합니다.

실무에서 자주 문제 되는 경우

• 과세사업과 면세사업을 함께 하는 경우, 공통으로 쓴 매입세액은 실지귀속이 분명하면 그 귀속에 따라, 불분명하면 총공급가액 대비 면세공급가액 비율 등으로 안분해 면세사업분 매입세액을 가려냅니다.
• 국고보조금 등을 재원으로 매입했더라도, 그 매입이 과세사업에 사용되면 공제 가능하고 면세사업·비과세사업에 사용되면 불공제로 보는 사례가 있습니다. 즉, 재원이 아니라 실제 사용 용도가 중요합니다.

놓치기 쉬운 점

• 면세사업 관련 매입세액은 투자(자산 취득 등)와 관련된 매입세액도 포함되므로, 단순히 재료비만이 아니라 고정자산 취득 관련 매입세액도 문제 될 수 있습니다.
• 면세사업을 위해 쓰던 감가상각자산을 나중에 과세사업으로 전환해 사용하면, 일정 요건 아래 매입세액 공제 특례가 적용될 수 있습니다.

정리하면, 면세사업 관련 매입세액이 공제되지 않는 것은 그 지출이 과세사업에 쓰이지 않았고, 면세 공급에는 매출세액이 생기지 않기 때문입니다. 과세·면세 겸영 여부나 실제 사용 용도가 쟁점이 되는 경우가 많으니, 거래별로 실지귀속과 안분 여부를 확인해 보시는 것이 좋습니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.