공통매입세액 재계산 시 5퍼센트 차이 기준은 어떻게 판단하나요?

공통매입세액 재계산에서 5퍼센트 차이 기준은 취득일이 속하는 과세기간(그 후 과세기간에 재계산한 경우에는 그 재계산한 과세기간)에 적용했던 비율과 재계산 사유가 발생한 과세기간의 비율을 비교해 차이가 5퍼센트 이상인지로 판단합니다.

적용하는 비율은 당초 안분 방식에 따라 달라집니다.

• 공급가액 비율로 안분한 경우: 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율
• 사용면적 비율로 안분한 경우: 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율

즉, 재계산은 두 비율이 5퍼센트 이상 차이가 날 때만 적용하며, 차이가 5퍼센트 미만이면 재계산하지 않습니다.

실무에서 주의할 점은 다음과 같습니다.

• 재계산 대상은 감가상각자산이며, 건물·구축물은 5퍼센트 체감률, 그 밖의 감가상각자산은 25퍼센트 체감률을 적용해 경과된 과세기간 수만큼 매입세액을 조정한 뒤 증감된 면세비율을 반영합니다.
• 당초 취득일이 속하는 과세기간의 면세공급가액 비율이 5퍼센트 미만이어서 공통매입세액 전액을 공제받은 경우에도, 그 다음 과세기간부터는 취득일이 속하는 과세기간의 적용비율을 0퍼센트로 보고 증감율(차이)을 계산한다는 점이 중요합니다.
• 재계산은 해당 과세기간의 확정신고와 함께 신고·납부하는 방식으로 처리합니다.

따라서 5퍼센트 차이 기준은 단순히 현재 면세비율만 보는 것이 아니라, 취득 당시(또는 직전 재계산 당시) 적용했던 비율과 현재 과세기간의 비율을 비교해 판단한다고 이해하시면 됩니다.