사업소득을 합산해 종합소득세를 신고하면 과세표준이 올라갈 수 있지만, 그 사실만으로 추가 환급이 생기지는 않습니다. 연말정산 환급은 근로소득만으로 계산한 세금과 이미 원천징수된 세금의 차액이고, 종합소득세 신고에서는 사업소득 등을 합산해 최종 세액을 다시 계산합니다. 따라서 최종 세액이 이미 낸 세금보다 적으면 환급되고, 더 많으면 추가 납부할 수 있습니다.
근로소득과 사업소득이 함께 있으면 해당 과세기간의 종합소득을 합산해 과세표준과 세액을 계산합니다. 사업소득은 사업 관련 수입에서 필요경비를 뺀 소득금액이 반영되므로, 매출액 전부가 그대로 과세표준에 더해지는 것은 아닙니다. 소득공제·세액공제와 사업소득에서 미리 원천징수된 세액 등도 최종 정산에 영향을 줍니다.
가령 근로소득만 신고했을 때 환급받았더라도, 사업소득을 합산한 뒤 최종 세액이 커지면 그 환급액이 줄거나 추가 납부로 바뀔 수 있습니다. 반대로 사업소득에서 원천징수된 세액이 있고 공제 등을 반영한 최종 세액이 더 적으면 환급이 발생할 수 있습니다. 과세표준이 증가했는지 하나만으로 환급 여부를 판단할 수 없고, 전체 소득·공제·기납부세액을 함께 비교해야 합니다.
종합소득이 있는 거주자는 원칙적으로 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세 확정신고를 합니다. 다만 신고기한이 주말·공휴일 등에 해당하는 경우 실제 기한은 달라질 수 있습니다. 이미 연말정산에서 받은 환급을 신고서에서 다시 환급액으로 중복 반영하는 것이 아니라, 근로소득 원천징수영수증의 결정세액과 기납부세액 등을 기준으로 전체 세액을 정산해야 합니다. 신고 결과 환급이 확정되면 신고서에 기재한 계좌로 환급받을 수 있습니다.