부가세 공제는 납부할 부가가치세를 줄이는 것, 소득공제는 소득세를 매기는 기준금액을 줄이는 것, 소득세 경비처리는 사업소득을 계산할 때 사업 관련 지출을 빼는 것입니다.
사업자가 사업에 사용하려고 재화나 용역을 사면서 부담한 부가가치세를 매출세액에서 차감합니다. 매출세액보다 매입세액이 크면 환급될 수도 있습니다. 원칙적으로 사업에 쓴 지출이어야 하고, 세금계산서 등 적격 증빙이 필요합니다. 다만 사업과 직접 관련 없는 지출, 면세사업 관련 지출, 일부 승용차 관련 지출, 기업업무추진비 관련 지출, 등록 전 매입 등은 공제되지 않을 수 있습니다.
소득공제는 사업비용을 장부에 반영하는 것이 아니라, 계산된 소득에서 일정 금액을 빼 과세표준을 낮추는 제도입니다. 과세표준은 소득세율을 적용하는 기준금액입니다. 따라서 공제액만큼 세금이 그대로 줄어드는 것은 아니며, 실제 절세 효과는 적용되는 세율 등에 따라 달라집니다. 특별소득공제처럼 근로소득이 있는 거주자에게 적용되는 항목도 있어, 모든 사업자 지출을 소득공제로 처리할 수 있는 것은 아닙니다.
사업소득은 기본적으로 총수입금액에서 사업에 사용한 필요경비를 뺀 금액으로 계산합니다. 사업과 관련된 지출이라는 점을 장부와 증빙으로 설명할 수 있어야 합니다. 개인 생활비 등 사업과 무관한 지출은 사업경비로 넣을 수 없고, 소득세·개인지방소득세나 벌금·과태료 등 법에서 정한 일부 지출도 필요경비에 넣지 못합니다.
같은 지출이라도 부가세 공제와 소득세 경비 인정은 별도로 판단합니다. 부가세 매입세액을 공제받았다면 그 부가세액을 다시 필요경비로 중복 반영하지 않는 것이 원칙적인 구분입니다. 반대로 부가세 공제가 안 된 매입세액도 자동으로 경비가 되는 것은 아닙니다. 예외적으로 법령에서 정한 불공제 매입세액 등은 필요경비에 넣을 수 있으므로, 불공제 사유와 실제 사업 관련성을 함께 확인해야 합니다.
예를 들어 사업용 물품을 사면서 낸 부가세는 요건을 갖추면 매출 부가세에서 공제하고, 물품의 사업 관련 공급가액은 소득세 계산에서 필요경비가 될 수 있습니다. 반면 소득공제는 이런 물품 구입비를 빼는 방식이 아니라, 별도의 법정 공제 항목을 과세표준에서 차감하는 방식입니다.