권리금이 영업권 등 재산적 가치가 있는 권리를 넘긴 대가라면, 원천징수·신고를 마쳤더라도 부가가치세 세금계산서를 별도로 받아야 할 수 있습니다. 원천징수 신고는 소득세 처리이고, 세금계산서는 부가가치세 거래 증빙이어서 서로 대체되지 않습니다. 다만 여기서 필요한 것은 보통 ‘계산서’가 아니라 **‘세금계산서’**입니다.
따라서 계약서에서 지급액이 영업권 대가인지, 시설·비품 대가인지, 위약금인지 확인하고, 상대방의 사업자 유형과 부가가치세 처리 및 세금계산서 발급 여부를 맞춰 보시는 것이 좋습니다. 원천징수를 이미 했다는 사실만으로 세금계산서 발급 여부가 결정되지는 않습니다.