네, 복식부기 의무가 있는 개인사업자도 홈택스를 통해 종합소득세 신고를 직접 할 수 있습니다. 홈택스 로그인 후 '신고/납부' 메뉴에서 '종합소득세'를 선택하여 신고를 진행할 수 있습니다. 다만, 복식부기 신고는 일반적인 단순경비율 신고보다 복잡하므로, 정확한 신고를 위해서는 세무 전문가의 도움을 받는 것이 좋습니다.