개인지방소득세 연말정산 시 특별징수의무자가 환급할 금액이 특별징수하여 납부할 금액을 초과하는 경우, 원칙적으로 다음 달 이후에 특별징수하여 납부할 개인지방소득세에서 조정하여 환급됩니다. 다만, 특별징수의무자가 환급 신청을 하는 경우에는 특별징수 관할 지방자치단체의 장이 그 초과액을 직접 환급합니다.