추계신고(추정과세) 시에는 소득세·법인세에 대해 일정 세액공제가 원칙적으로 배제됩니다. 다만, 투자세액공제(조특법 제5조·제26조)와 같은 투자 관련 공제는 증빙 제출 시 거주자에 한해 적용됩니다. 또한 복식부기 의무자가 일부 사업장을 추계신고하고 나머지는 복식부기로 신고한 경우, 고용증대세액공제 등 일부 공제는 적용되지 않습니다.