청년창업중소기업감면 경정청구를 위해 기장세액공제가 적용된 종합소득세 신고에서 해당 공제 부분을 제외하고 수정할 수 있나요?

네, 가능합니다. 이미 신고한 종합소득세에서 기장세액공제가 적용된 부분을 제외하고 수정신고(수정신고)를 하면, 그 후 경정청구를 통해 청년창업중소기업감면을 별도로 신청할 수 있습니다. 수정신고 시 해당 공제 항목을 배제하고 정확한 세액을 재계산한 뒤, 경정청구(국세기본법 제45조)로 감면을 청구하면 됩니다.