통합고용세액공제는 최초 공제를 받은 과세연도 종료일로부터 2년 이내에 상시근로자 수가 감소하면 해당 연도부터 공제가 중지되고, 이미 받은 공제액을 추징해야 합니다. 2차년도에 근로자가 감소한 경우, 감소한 인원에 대해 산정된 1인당 공제액(청년·일반 등 구분별 적용액)을 합산한 금액을 기존에 받은 공제액에서 차감하고, 차액을 소득세·법인세로 납부합니다. 이월된 공제금액이 있다면 먼저 차감한 뒤 남은 금액이 추징액이 됩니다.