선하증권을 양도하면 부가가치세법상 재화 공급으로 보아 양도일에 매출을 인식하고, 양도액(수입세금계산서 공급가액을 차감한 금액, 세관이 부가세를 징수하기 전이면 전체 양도액)으로 공급가액을 산정해 10% 부가세를 부과·세금계산서를 발행합니다. 반면 수입통관 시점에는 물품 자체가 국내에 들어온 것으로 보아 재고(자산) 취득으로 회계처리하고, 관세·부가세를 비용(또는 매입세액)으로 계상해 매입세액 공제를 받습니다. 즉, 양도는 매출·부가세 발생, 통관은 자산 취득·부가세 입력세액 처리라는 점이 차이입니다.