네, 부가가치세 확정신고기한을 지나서 신고하고 환급세액이 발생한 경우에도 가산세가 부과됩니다. 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액에 대해 가산세가 적용되며, 이는 신고기한 초과에 따른 제재이기 때문입니다.