보조금이 지원된 건물의 보존등기 시 부기등기에 대해 등록세를 납부해야 하나요?

보조금이 지원된 건물이라 하더라도, 보존등기·부기등기를 할 때는 별도의 면제 규정이 없으므로 원칙적으로 등록세를 납부해야 합니다.

• 등록세는 재산권·그 밖의 권리 설정·변경·소멸을 등기할 때 등기를 받는 자에게 부과되는 지방세이며(지방세법 제124조), 등기 전까지 관할 지방자치단체에 신고·납부해야 합니다.
• 도정법에 의한 주택재개발사업 등에서만 ‘관리처분계획에 의한 취득 건축물’에 대해 등록세가 면제된다는 규정이 존재합니다(지방세법 제127조의2·제109조 3항). 보조금 지원 건물은 이와 같은 특별 면제 대상에 해당되지 않으므로, 부기등기 시에도 등록세를 납부해야 합니다.