관계사가 보유 중인 재고를 폐기하고 그에 대한 손실 보상을 받는 경우, 일반적으로 세금계산서 발행 대상이 아닙니다. 이는 재화 또는 용역의 공급 없이 손실 보상 성격으로 지급되는 금액이기 때문입니다.
다만, 해당 보상금이 재고 폐기와 직접적인 관련 없이 다른 거래의 대가로 지급되는 경우에는 과세 대상이 될 수 있습니다. 따라서 구체적인 거래 내용과 약정에 따라 세금계산서 발행 여부가 달라질 수 있으므로, 전문가와 상담하여 정확한 판단을 받으시는 것이 좋습니다.