결론:
선하증권 양도 시, 선하증권 양도자와 세관장으로부터 각각 발급받은 세금계산서의 부가가치세액(매입세액)은 매출세액에서 공제받을 수 있습니다. 이는 이중과세 문제를 해소하고 납세자의 편의를 도모하기 위함입니다.
근거:
이중과세 방지: 보세구역 내 재화의 공급과 수입통관 시 부가가치세가 각각 과세될 경우 이중과세 문제가 발생할 수 있습니다. 이를 방지하기 위해 재화의 공급시기를 수입신고수리일로 하거나, 공급가액에서 수입세금계산서의 공급가액을 뺀 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있습니다.
세금계산서의 적법성: 선하증권 양도 시 발급받은 세금계산서는 재화의 공급에 대한 정당한 세금계산서로 인정됩니다. 따라서 해당 세금계산서상의 매입세액은 부가가치세법에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.
관련 법령 및 예규: 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제5호 단서에서는 세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 선하증권이 양도되는 경우, 선하증권 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있다고 규정하고 있습니다. 또한, 국세청의 예규 등에서도 이러한 경우 매입세액 공제를 인정하고 있습니다.