면세사업자가 발행하는 계산서의 경우, 부가가치세법상 세금계산서와는 다르게 취급됩니다. 따라서 면세사업자가 발행한 계산서에 기재된 내용은 부가가치세 매입세액 공제 대상이 되지 않습니다.
면세사업자는 부가가치세법상 세금계산서를 발행할 수 없으며, 대신 계산서를 발행합니다. 이 계산서는 부가가치세가 면제되는 재화나 용역에 대해 발행되므로, 이를 수취한 사업자는 해당 금액에 대한 부가가치세를 공제받을 수 없습니다. 즉, 면세 계산서는 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아닙니다.
다만, 면세사업자가 계산서(합계표)를 누락하거나 사실과 다르게 기재한 경우에는 가산세가 부과될 수 있습니다. 하지만 이는 일반 과세재화·용역에 적용되는 2% 또는 1%의 가산세와는 다르며, 별도의 계산서 합계표 미제출 또는 부정확 제출에 대한 가산세가 적용될 수 있습니다.