영리기관이 연구비 집행 시 부가가치세 신고는 다음과 같이 처리됩니다.
기본적으로 연구개발비로 인정되는 금액은 환급받는 부가가치세를 제외한 '공급가액'입니다. 하지만, 부가가치세 신고 시 해당 연구개발비 집행분을 '공제받지 못할 매입세액'으로 신고한 경우에는 부가가치세를 포함한 총 집행 금액이 연구개발비로 인정될 수 있습니다. 이 경우, 연구 기간 내 매 분기별 부가가치세 신고서 사본과 구입 건별 리스트를 제출해야 합니다.
연구비 카드 집행 영수증에 공급가액과 부가세가 구분되어 표기되어 있더라도, 모든 부가세가 매입세액으로 처리되는 것은 아니므로 주의가 필요합니다.