네, 영세율 매출 3억원과 과세 매출 100만원인 경우, 안분계산하여 매입세액 공제를 받을 수 있습니다. 다만, 공제받을 수 있는 매입세액은 과세 매출 비율에 따라 계산됩니다.
공통매입세액 안분계산은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 매입세액 중 면세사업 관련 매입세액을 부가가치세 공제 대상에서 제외하기 위한 것입니다. 영세율 적용 매출은 과세사업으로 분류되므로, 과세 매출액에 포함하여 안분계산하게 됩니다.
귀하의 경우, 총 매출액 3억 1백만원 중 과세 매출액은 100만원이므로, 공통매입세액 중 약 0.33% (100만원 / 3억 1백만원)만이 매입세액 공제 대상이 될 수 있습니다. 나머지 99.67%는 면세사업에 관련된 것으로 간주되어 공제받을 수 없습니다.