임대인은 제3자인데, 대표자가 같은 기존 법인(A)에서 신규 법인(B) 설립 시 임대료 세금계산서를 A로부터 받고 대금을 A에게 지급한 경우, 세금계산서 공제 처리가 가능한가요?

결론적으로, 대표자가 동일한 두 법인 간의 임대료 세금계산서 발행 및 공제 처리는 거래의 실질과 세금계산서 발행 주체가 일치하는 경우에만 가능합니다. 임대인이 제3자이고, 기존 법인(A)에서 신규 법인(B)으로 사업장을 이전하여 임대료를 지급하는 경우, 세금계산서는 실제 임대인(제3자)으로부터 받아야 하며, 대금 또한 실제 임대인에게 지급해야 합니다. 만약 A 법인이 실제 임대인이 아닌 경우, A 법인으로부터 받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 간주되어 매입세액 공제가 불가능하며, 관련 가산세가 부과될 수 있습니다.

근거는 다음과 같습니다.

1. 세금계산서의 적격성: 부가가치세법상 매입세액 공제를 받기 위해서는 적격한 세금계산서를 수취해야 합니다. 적격한 세금계산서란 공급자가 재화 또는 용역을 공급하고 발급한 세금계산서를 의미합니다. 따라서 실제 임대인이 아닌 A 법인으로부터 세금계산서를 수취한 경우, 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당할 가능성이 높습니다.
2. 거래의 실질: 세법은 형식보다는 실질을 중시합니다. 임대료 지급의 실질이 제3자에게 이루어져야 하며, A 법인에게 지급하는 것은 실제 임대료 지급으로 인정받기 어렵습니다. 만약 A 법인이 임대인과의 계약 관계에서 중간자 역할을 하거나, 단순히 자금 흐름을 위한 명목상의 거래라면 세금계산서 공제는 불가합니다.
3. 특수관계자 간 거래: 동일 대표자가 운영하는 두 법인 간의 거래는 특수관계자 간 거래로 간주될 수 있습니다. 이러한 경우, 거래가 정상적인 시장 가격으로 이루어졌는지, 거래의 실질이 있는지 등을 엄격하게 심사받게 됩니다. 만약 거래가 실질 없이 이루어졌거나 시가와 현저히 다른 가격으로 이루어졌다면 부당행위로 간주될 수 있습니다.