금융소득 종합과세 시 원천징수세율은 다음과 같이 적용됩니다.
금융소득이 연간 2천만원 이하인 경우에는 15.4%(소득세 14% + 지방소득세 1.4%)의 원천징수세율이 적용되어 납세 의무가 종결됩니다. 하지만 금융소득이 2천만원을 초과하는 경우에는 종합과세 대상이 되어 다른 종합소득(근로소득, 사업소득 등)과 합산하여 누진세율(6.6%~49.5%)이 적용됩니다. 이 경우 다음 해 5월 말까지 종합소득세를 신고·납부해야 합니다.
참고로, 2005년 1월 1일 이후 발생한 이자소득 및 배당소득에 대해 14%의 원천징수세율이 적용됩니다. 또한, 금융소득 종합과세 대상이 되면 건강보험료 추가 납부, 세제혜택 상품 가입 제한 등의 영향이 있을 수 있습니다.