2025년 12월 31일부터 2026년 12월 30일까지의 가족 보험료를 2025년에 과세하고 직원이 의료비 공제를 받은 후 2026년 6월에 퇴사하여 정산금이 나올 경우, 이미 받은 2025년 의료비 공제는 어떻게 처리되나요?

직원이 2026년 6월에 퇴사하여 정산금이 발생할 경우, 이미 받은 2025년 의료비 공제는 다음과 같이 처리됩니다.

결론: 2025년에 이미 받은 의료비 세액공제는 퇴사 시 정산 과정에서 별도로 추징되거나 취소되지 않습니다. 이는 연말정산 시점에 확정된 세액이기 때문입니다.

근거:

1. 의료비 세액공제의 확정 시점: 의료비 세액공제는 해당 과세연도(1월 1일부터 12월 31일까지)의 지출액을 기준으로 다음 해 연말정산 시점에 확정됩니다. 따라서 2025년에 지출한 의료비에 대한 공제는 2025년 귀속 연말정산 시점에 이미 확정된 사항입니다.
2. 퇴사 시 정산: 직원이 퇴사하는 경우, 퇴사하는 달의 급여를 기준으로 근로소득세를 정산하게 됩니다. 이때 이미 납부한 세액과 확정된 세액을 비교하여 추가 납부 또는 환급이 발생할 수 있습니다. 하지만 이는 해당 연도의 근로소득에 대한 정산이며, 이미 확정된 이전 연도의 세액공제(2025년 의료비 세액공제)에 영향을 미치지 않습니다.
3. 중도 퇴사자의 연말정산: 중도 퇴사자는 퇴사하는 날이 속하는 달의 급여를 지급하는 때에 연말정산을 합니다. 이때 해당 연도(퇴사일까지)의 근로소득에 대해 연말정산을 하며, 이전 연도(2025년)의 확정된 세액공제 내역은 그대로 유지됩니다.

따라서 2025년에 받은 의료비 세액공제는 2026년 퇴사 시 정산금에서 추징되지 않습니다.