건축주 직영공사와 건설업체 도급 공사를 병행하는 경우, 부가가치세는 각 공사 방식에 따라 별도로 계산됩니다.
직영 공사 부분은 건축주가 직접 자재를 구입하고 인력을 관리하는 방식이므로, 건설업체에 지급하는 공사대금에 대한 부가가치세는 발생하지 않습니다. 다만, 직영 공사를 위해 건축주가 직접 구입하는 자재에 대한 부가가치세는 납부해야 합니다. 이 경우, 면세사업(주택)으로 사용될 부분에 대한 매입세액은 공제받을 수 없으나, 과세사업(상가 등)으로 사용될 부분에 대한 매입세액은 환급받을 수 있습니다.
반면, 건설업체와 도급 계약을 맺은 부분에 대해서는 해당 계약 금액에 대한 부가가치세가 발생합니다. 따라서 전체 공사비에 대한 부가가치세를 정확히 산정하기 위해서는 직영 공사 부분과 도급 공사 부분을 명확히 구분하여 각각의 부가가치세를 계산해야 합니다.