구리 스크랩을 매입할 때 매입세액 공제는 「조세특례제한법」 제106조의9에 따른 매입자 납부 특례 규정에 따라 적용됩니다. 이 규정에 따라 구리 스크랩을 공급받는 사업자는 부가가치세를 공급받는 자로부터 직접 징수하지 않고, 구리 스크랩 거래계좌를 통해 납부해야 합니다. 이렇게 납부된 부가가치세액은 공급받는 사업자가 납부할 세액에서 공제받거나 환급받을 세액에 가산됩니다.
다만, 구리 스크랩의 성분이 10% 이하인 폐산액체나 제조업체가 생산한 제품 상태의 구리는 매입자 납부 특례 적용 대상 품목에 해당하지 않습니다. 또한, 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 공제받은 매입세액은 「부가가치세법」 제39조에 따라 불공제될 수 있으며, 이는 이중과세에 해당하지 않습니다.