회사가 직원에게 지급하는 자기개발지원금은 원칙적으로 근로소득에 해당하므로, 급여에 포함하여 소득세 및 지방소득세를 원천징수해야 합니다.
다만, 직무와 직접적으로 관련된 교육비나 학자금으로서 법인세법 시행령 제45조에서 정하는 요건을 충족하는 경우에는 비과세 학자금으로 인정받아 원천징수 대상에서 제외될 수 있습니다. 이 경우에도 회사는 해당 지원금이 비과세 요건을 충족하는지 여부를 객관적으로 입증할 수 있어야 합니다.
따라서 자기개발지원금의 세무 처리에 있어서는 해당 지원금이 근로소득으로 과세되는지, 아니면 비과세 학자금으로 인정되는지를 명확히 구분하여 원천징수 의무를 이행하는 것이 중요합니다.