법인으로 보는 단체 승인을 받지 못한 교회는 세법상 개인(거주자)으로 간주되어, 법인으로 인정받는 경우에 비해 세무상 불이익을 받을 수 있습니다. 예를 들어, 교회가 고유 목적 사업과 관련하여 자산을 취득하거나 처분할 때 법인으로 인정받지 못하면, 법인세법상 비과세 또는 감면 혜택을 적용받기 어렵습니다. 또한, 교회 명의로 금융 계좌를 개설하거나 재산을 독립적으로 소유·관리하는 데 제약이 있을 수 있으며, 체납 발생 시 개인의 재산으로 간주되어 체납 처분이 이루어질 수 있습니다.
이러한 불이익은 교회가 법인으로 보는 단체 승인을 받기 위한 요건을 충족하지 못했거나, 승인 신청 절차를 제대로 이행하지 않았을 때 발생할 수 있습니다. 승인을 받지 못한 경우, 교회는 개인 사업자와 동일하게 소득세법을 적용받게 됩니다.