연말정산 수정신고 시 발생하는 가산세는 원칙적으로 근로자 본인이 부담하게 됩니다. 다만, 수정신고의 주체와 귀책사유에 따라 일부 예외가 있을 수 있습니다.
근로자가 단순 착오나 세법에 대한 무지로 인해 과다 공제받아 스스로 수정신고하는 경우에는 근로자 본인에게 과소신고·초과환급신고 가산세와 납부지연가산세가 부과될 수 있습니다. 반면, 원천징수의무자(회사)의 귀책사유로 연말정산이 잘못되었거나, 근로자가 부당공제 등으로 과세관청으로부터 수정신고 통지를 받은 경우, 원천징수의무자가 수정신고를 하면 해당 근로자에게는 일반적인 가산세가 부과되지 않을 수 있습니다. 하지만 이 경우에도 원천징수의무자는 원천징수 등 납부지연가산세를 부담해야 할 수 있습니다.