수입신고필증이 발급된 후에는 세관장이 수입자에게 수입세금계산서를 발급합니다. 이 수입세금계산서는 부가가치세 매입세액 공제를 위한 증빙자료로 사용됩니다.
수입신고필증에 기재된 수입신고수리일을 기준으로 부가가치세 과세표준 금액을 상품(재고자산) 계정과 외상매입금(거래처) 계정으로 분개하고, 부가가치세 대급금 계정으로 부가세를 분리하여 회계처리합니다. 이후 세관장이 발급하는 수입세금계산서의 부가가치세 부분은 차변의 '부가가치세 대급금'과 대변의 '보통예금(현금)'으로 분개하게 됩니다. 실제 물품 취득가액에는 관세, 운임, 보험료 등이 포함되며, 이는 '상품(재고)' 계정에 포함됩니다. 외화 결제 시에는 환율과 총과세가격을 적요란에 기재합니다.