네, 법인 설립 시 아버지 100% 지분에서 아들과 각 50% 지분으로 변경되었다가 최종적으로 아들이 100% 지분을 소유하게 되는 경우, 간주취득세 납세의무가 발생할 수 있습니다.
이는 과점주주 간주취득세 규정에 따른 것으로, 법인의 주식 또는 지분을 50% 초과하여 소유하게 되면 해당 법인의 부동산 등 취득세 과세 대상 물건을 그 소유 지분 비율만큼 취득한 것으로 간주되어 취득세 납세의무가 발생하기 때문입니다.
귀하의 경우, 아들이 아버지의 지분을 취득하여 지분율이 변동되는 과정에서 과점주주가 되는 시점에 따라 간주취득세 납세의무가 발생할 수 있습니다. 특히, 최초로 과점주주가 되거나, 이미 과점주주였던 자가 지분을 추가 취득하여 최고 지분율을 초과하는 경우에 간주취득세가 부과될 수 있습니다.
다만, 법인 설립 시 발행하는 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 등 일부 예외가 있을 수 있으므로, 구체적인 상황에 따라 전문가와 상담하시는 것이 좋습니다.