1000만원에 대한 미등록 가산세 0.5%를 금액이 나오자마자 바로 납부하면 납부지연 가산세가 없는 건가요?

네, 맞습니다. 1,000만원에 대한 미등록 가산세 0.5%가 발생한 금액을 즉시 납부하신다면, 해당 금액에 대해서는 납부지연가산세가 발생하지 않습니다.

미등록 가산세는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액에 대해 부과되는 것이며, 이 가산세액이 확정되는 즉시 납부하시면 추가적인 납부지연가산세는 붙지 않습니다.