사업의 포괄적 양수도 요건을 충족하지 못하면, 해당 거래는 재화의 공급으로 간주되어 부가가치세가 과세됩니다. 이 경우, 사업 양도자는 매출세액을 신고하고 납부해야 할 의무가 있습니다. 만약 사업 양도자가 세금계산서를 발급하지 않았더라도, 세무 조사 결과 사업 양도가 아닌 것으로 판명되면 부가가치세가 추징될 수 있습니다. 이러한 위험을 줄이기 위해 2014년 1월 1일부터 양수자에 의한 대리납부 제도가 도입되었습니다. 이 제도를 통해 양수자가 사업 양도자를 대신하여 부가가치세를 납부할 수 있으며, 이 경우 사업 양도자는 세금계산서를 발급해야 하고, 양수자가 대리 납부한 부가가치세는 사업 양도인의 부가가치세 신고 시 기납부세액으로 공제받을 수 있습니다.