권리금 100만원에 대해 부가가치세 10만원을 별도로 납부해야 하는지는 거래의 성격에 따라 다릅니다.
일반적으로 권리금은 부가가치세법상 재화의 공급으로 보아 과세 대상이 될 수 있습니다. 이 경우 권리금의 10%에 해당하는 부가가치세가 발생하며, 사업자등록을 한 일반과세자라면 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부해야 합니다. 따라서 권리금 100만원에 대해 10만원의 부가가치세가 별도로 발생할 수 있습니다.
하지만 다음과 같은 경우에는 부가가치세가 면제되거나 별도 납부 의무가 없을 수 있습니다.
또한, 권리금을 지급하는 양수인은 권리금 지급액에 대해 기타소득으로 원천징수할 의무가 있습니다. 권리금 100만원의 경우, 필요경비 60%를 제외한 기타소득금액(40만원)의 22%인 8만 8천원을 원천징수하여 다음 달 10일까지 신고·납부해야 합니다. 이는 부가가치세와는 별개의 의무입니다.