권리금 거래에서 양도인이 실제 수령한 금액과 별도로 부가가치세를 납부해야 하는지는 거래의 성격과 계약 내용에 따라 달라집니다.
일반적으로 권리금은 사업소득 또는 기타소득으로 과세되며, 거래 당사자 간의 계약에 따라 부가가치세 부담 주체가 결정됩니다. 만약 계약서에 부가가치세를 별도로 부담한다는 명시가 없다면, 권리금 자체에 부가가치세가 포함된 것으로 볼 수 있습니다.
제공해주신 정보에 따르면, 권리금 100만원 거래에서 양도인이 956,000원을 지급받았다고 하셨습니다. 이는 권리금에서 원천징수세액이나 기타 공제액이 차감된 금액으로 보입니다. 만약 이 거래가 부가가치세 과세 대상에 해당하고, 계약상 양도인이 부가가치세를 별도로 부담하기로 하였다면, 10만원의 부가가치세를 추가로 납부해야 할 수 있습니다. 그러나 권리금 거래가 반드시 부가가치세 과세 대상이 되는 것은 아니므로, 계약 내용을 명확히 확인하는 것이 중요합니다.
정확한 세금 처리를 위해서는 세무 전문가와 상담하여 계약서 내용을 검토하고 관련 법규를 확인하시는 것이 좋습니다.