사업장별 과세 사업자의 경우, 법인 본사와 지사 간에는 원칙적으로 세금계산서 발행이 불필요합니다. 이는 부가가치세법상 본점과 지점 간의 거래를 재화나 용역의 공급으로 보지 않기 때문입니다.
하지만 사업자 단위 과세 또는 주사업장 총괄 납부 제도를 적용받는 경우에는 다음과 같은 예외 및 특이사항이 있습니다.
사업자 단위 과세 제도: 이 제도를 적용받는 경우, 모든 사업장은 본점의 사업자등록번호 하나로 통합 관리됩니다. 따라서 본점과 지점 간에는 세금계산서 발행 의무가 면제됩니다. 다만, 본점에서 발행하는 세금계산서의 비고란에 실제 거래가 이루어진 종된 사업장의 상호와 소재지를 기재해야 합니다.
주사업장 총괄 납부 제도: 이 제도를 적용받는 경우에도 본점과 지점 간의 거래는 재화의 공급으로 보지 않아 세금계산서 발행 의무가 면제됩니다. 그러나 총괄 납부 승인을 받은 사업자가 세금계산서를 교부하여 신고한 경우에는 재화의 공급으로 간주될 수 있으므로 주의해야 합니다.
결론적으로, 사업자 단위 과세 또는 주사업장 총괄 납부 제도를 적용받지 않는 일반적인 사업장별 과세 사업자의 경우, 본점과 지점 간에는 세금계산서 발행이 필요 없습니다. 만약 이러한 제도를 적용받는다면, 해당 제도의 규정에 따라 세금계산서 발행 의무가 면제되거나 특정 방식으로 처리해야 합니다.