주사업장 총괄납부 제도는 여러 사업장을 운영하는 법인사업자에게 부가가치세 납부 및 환급 절차를 간소화하여 납세 편의를 증진하고 자금 운용의 효율성을 높이는 장점이 있습니다. 또한, 총괄납부 승인을 받은 사업장이 자기의 다른 사업장으로 재화를 반출하는 경우 재화의 공급으로 보지 않아 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고 부담이 줄어드는 이점도 있습니다.
하지만, 이 제도를 적용받기 위해서는 과세기간 개시 20일 전까지 주된 사업장의 관할 세무서에 신청해야 하는 절차가 있으며, 신청 기한을 놓치거나 요건을 충족하지 못할 경우 적용받을 수 없습니다. 또한, 사업장별로 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고는 별도로 이루어지므로, 신고 자체의 간소화 효과는 제한적일 수 있습니다.