법인이 자금 부족으로 대표이사가 대신 납부한 종합부동산세(종부세)는 원칙적으로 법인의 손금으로 인정받기 어렵습니다.
종부세는 법인의 자산 보유에 대해 부과되는 세금이므로 법인이 직접 납부해야 할 의무가 있습니다. 대표이사가 개인 자금으로 법인의 종부세를 대신 납부한 경우, 이는 법인 자금의 유출 없이 대표이사가 법인의 채무를 변제한 것으로 볼 수 있습니다. 이 경우 법인이 해당 금액을 손금으로 처리하면, 세법상으로는 대표이사에 대한 가지급금으로 간주되거나, 대표이사의 소득으로 보아 상여 처리될 수 있습니다. 따라서 법인의 손금으로 인정받기 위해서는 법인이 대표이사에게 해당 금액을 변제하거나, 적절한 회계 처리를 통해 법인의 부채로 명확히 인식해야 합니다.
만약 법인이 대표이사가 대신 납부한 종부세액을 손금으로 처리하고자 한다면, 이는 법인의 소득금액 계산 시 익금에 산입되거나 대표이사의 상여로 소득 처분될 가능성이 높습니다. 이로 인해 법인세 및 대표이사의 소득세가 추가로 발생할 수 있으므로 주의가 필요합니다.