약국에서 구입한 물품에 대해 부가가치세 매입세액 공제가 되지 않는 경우는 해당 물품이 면세사업과 관련된 경우입니다.
약국은 일반의약품 판매와 같은 과세사업과 조제용역과 같은 면세사업을 겸영하는 사업자입니다. 따라서, 면세사업에 사용되거나 소요될 것이 명확한 물품의 매입세액은 공제받을 수 없습니다.
예를 들어, 조제용으로 사용되는 전문의약품의 경우 면세사업과 직접적으로 관련되므로 해당 물품 구입 시 부담한 부가가치세는 공제 대상에서 제외됩니다. 또한, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 사용 비율을 구분하기 어려운 공통매입세액의 경우에도, 면세사업에 해당하는 부분의 매입세액은 공제받을 수 없습니다. 이 경우, 총매입액 중 면세매출이 차지하는 비율 등을 고려하여 안분계산하게 됩니다.