수입 시 영세율 세금계산서에 포함되지 않은 대납 비용은 수수료 비용으로 처리하기 어렵습니다. 부가가치세법상 매입세액 공제는 사업과 직접 관련이 있는 지출에 대해서만 가능하며, 영세율이 적용되지 않는 거래에 대해 영세율 세금계산서를 발급받아 신고하는 경우 세금계산서 불성실 가산세가 부과될 수 있습니다.
따라서, 대납 비용이 사업과 직접 관련이 있고 적격 증빙(세금계산서, 신용카드매출전표 등)을 갖춘 경우에만 매입세액 공제가 가능하며, 이를 수수료 비용으로 처리하기 위해서는 해당 비용의 성격과 관련 법령을 면밀히 검토해야 합니다.